Набонід правив у 556 — 539 роках до н. е. і сів на престол після загибелі хлопчика-царя Лабаші-Мардука, якого вбили змовники через дев’ять місяців після інавгурації.
Не відомо, чи був причетний до його смерті Набонід, але незабаром саме його обрано новим царем. І саме з його іменем пов’язана низка загадкових історій, розгадати котрі вчені не можуть донині.
Одна із них полягає в тому, що протягом багатьох років правління Набоніда у столиці ніхто не бачив. Причини його тривалої відсутності залишаються предметом суперечок. Висувають припущення, які варіюються від хвороби чи божевілля аж до появи зацікавлення релігійною археологією.
У стародавніх переказах Набоніда переважно зображають як таку собі білу ворону на престолі. Вважають, що його мати була жрицею бога місяця Сіна, якому Набонід був одержимо відданий. І ніби саме тому царя Набоніда зневажали жерці бога Мардука, який кілька століть був головним божеством Вавилону.
На початку правління Набоніда ніщо не віщувало лиха. Новий правитель розпочав успішні воєнні кампанії в Ідумеї (тепер — частина Ізраїлю) і Кілікії (сучасна Туреччина). Однак потім він покинув Вавилон і на десять років переселився в багату пустельну оазу Тайма, що на Аравійському півострові, залишивши замість себе у Вавилоні свого сина Валтасара.
До столиці Набонід повернувся лише тоді, коли на його країну посунули полчища сусідньої Персії під командуванням царя Кіра Великого. Зрештою Набонід капітулював перед перським військом у 539 році до нашої ери, і йому було дозволено дожити решту життя у відносній свободі.
Але що ж сталося в ті роки, коли Набоніда не було у Вавилоні? Чому він покинув місто, яким керував? Що він робив, коли перебував в оазі Тайма?
Деякі відповіді на ці запитання дає так звана хроніка Набоніда (IV — I ст. до н. е.). На думку її автора, Набонід вперше зацікавився Таймою під час свого походу проти Ідумеї. Ця оаза була важливим центром, з якого можна було контролювати прибуткові арабські торговельні шляхи. Однак чому Набонід пробув там так довго — з 553-го по 543 рік до нашої ери — залишається загадкою.
Одна з теорій полягає в тому, що він не почувався комфортно у Вавилоні, який був центром поклоніння Мардуку. Цар мав за обов’язок виконувати різноманітні публічні обряди, присвячені культу цього бога, наприклад, під час щорічного новорічного фестивалю.
Атрибути влади жрець повертав правителю тільки після того, як той вимолював прощення та діставав від нього сильного ляпаса.
На цих урочистостях на п’ятий день святкування, згідно із традицією, правитель повинен був привселюдно висловити свою покору Мардукові. Після цього верховний жрець тимчасово позбавляв його корони та інших атрибутів влади і повертав лише після того, як володар вимолив у бога своє прощення та дістав сильного ляпаса від священника, також на очах у всіх підданців.
Щобільше, на восьмий день царю доводилося благати всіх богів підтримати і вшанувати Мардука, що, можливо, було неприйнятним для Набоніда, який визнавав верховним божеством Сіна.
Деякі дослідники припускають, що оаза Тайма приваблювала Набоніда своїми стародавніми пам’ятками, в яких він міг знайти священні написи або пророцтва, пов’язані з його власними духовними пошуками.
Інша версія полягає в тому, що цар важко захворів і подався в Тайму, щоб одужати. У сувоях Мертвого моря є фрагмент, відомий як “Молитва Набоніда”. У ньому йдеться про те, що цар хворів на виразку, що змусило його покинути Вавилон та залишитися в Таймі, доки його не зцілив єврейський відлюдник після молитви до єврейського Бога. Проте біблійний пророк Даниїл описує хворобу царя як різновид божевілля, а не як виразку.
Нині відомо, що Набонід звелів збудувати в оазі великий королівський комплекс, залишки котрого знайшли археологи вже в наш час. Як вважають вчені, повернення царя до Вавилону могло бути спричинене дедалі більшою загрозою від Кіра та чимраз гострішими розбіжностями з Валтасаром, якого усунуто з посади одразу після повернення Набоніда до Вавилону.
Наступник Набоніда, Кір, поклав край існуванню Нововавилонської імперії та започаткував панування Персії. Новий володар також дозволив євреям, котрі перебували у вавилонському полоні, повернутися до Єрусалиму зі своїми священними артефактами і почати відбудову Храму. Розпочалася ера Перської імперії.